Μεταξύ των αποβλήτων που παράγονται στην Βιομηχανία Τροφίμων, τα υγρά λύματα είναι εκείνα που χαρακτηρίζονται ως σημαντικότερα σε σχέση με το ρυπαντικό τους φορτίο. Με εξαίρεση την παρουσία λίγων τοξικών ουσιών καθαρισμού, τα υγρά απόβλητα είναι οργανικά και κατεργάζονται με συμβατικές τεχνολογίες επεξεργασίας αποβλήτων.

Το BOD είναι σχετικά αυξημένο στα υγρά απόβλητα όλων σχεδόν των βιομηχανιών τροφίμων. Μία άλλη σημαντική παράμετρος ρύπανσης των υγρών αποβλήτων ιδιαίτερα στον κλάδο επεξεργασίας κρέατος και αλιευμάτων, είναι οι παθογόνοι οργανισμοί. Τα υγρά απόβλητα με υψηλά επίπεδα παθογόνων οργανισμών πρέπει να απολυμαίνονται πριν την διάθεση τους.

Το pH των υγρών λυμάτων είναι επίσης μία παράμετρος ιδιαίτερης σημασίας για τα ρεύματα που οδηγούνται σε μονάδες επεξεργασίας. Οι μικροοργανισμοί που αναπτύσσονται στη διεργασία του βιολογικού καθαρισμού, είναι εξαιρετικά ευαίσθητοι σε διακυμάνσεις του pH. Τιμή pH μεταξύ 5 και 9 θεωρείται γενικά αποδεκτή.

Στα στερεά απορρίμματα συναντώνται τόσο οργανικές ουσίες, όσο και απόβλητα από τις συσκευασίες. Ως οργανικά στερεά απόβλητα αναφέρονται ενδεικτικά φλοιοί, δέρματα, οστά, κουκούτσια από τις πρώτες ύλες. Τα ανόργανα απορρίμματα συνήθως περιλαμβάνουν υπολείμματα συσκευασιών όπως πλαστικό, γυαλί και μέταλλα. Μεγάλο μέρος τους είναι δυνατό να επανακατεργαστεί και να μετατραπεί σε πολύτιμα παραπροϊόντα που καταλήγουν ως λιπάσματα, ζωοτροφές κλπ.

Οι αέριες εκπομπές δεν αποτελούν ιδιαίτερο πρόβλημα για την βιομηχανία τροφίμων. Με εξαίρεση τις εγκαταστάσεις παραγωγής ζύθου, οι υπόλοιπες μονάδες εκπέμπουν μικρές ποσότητες αέριων ρύπων.