Η υιοθέτηση πρακτικών καλής λειτουργίας αποτελεί έναν από τους οικονομικότερους τρόπους πρόληψης της ρύπανσης. Οι πρακτικές καλής λειτουργίας αφορούν σε βελτίωση των τεχνικών διαχείρισης υλικών, αποθεμάτων και αποβλήτων, στην εφαρμογή διαχωρισμού των ρευμάτων αποβλήτων και στον αποτελεσματικότερο προγραμματισμό παραγωγής.

Επιπρόσθετα, περιλαμβάνουν την βελτίωση των τεχνικών συντήρησης του εξοπλισμού και την επιμόρφωση του προσωπικού στις λειτουργίες της επιχείρησης με στόχο την ελαχιστοποίηση των παραγόμενων αποβλήτων.