Η τελική κατεργασία και επικάλυψη των μετάλλων οδηγεί στην παραγωγή ανεπιθύμητων παραπροϊόντων ή αποβλήτων, συμπεριλαμβανομένων αέριων εκπομπών, υγρών λυμάτων και στερεών απορριμμάτων. Τα απόβλητα προέρχονται κυρίως από οργανικούς αλογονωμένους διαλύτες, κετόνες, αρωματικούς υδρογονάνθρακες, και οξέα τα οποία χρησιμοποιούνται στο στάδιο της προκατεργασίας/καθαρισμού, καθώς και από μέταλλα (με τη μορφή διαλυμένων αλάτων στα λουτρά εμβάπτισης) που συμμετέχουν στο στάδιο της επικάλυψης.

Τα υγρά και στερεά απόβλητα των επιμεταλλωτηρίων θεωρούνται από τα πλέον επικίνδυνα εξαιτίας της τοξικής φύσης των ενώσεων που περιέχονται (βαριά μέταλλα, κυανιούχα, οξέα, βάσεις).

Τα υγρά απόβλητα στις διεργασίες επικάλυψης προέρχονται κυρίως από τα ξεπλύματα προκατεργασίας των επιφανειών, τα ξεπλύματα από τις επιμεταλλώσεις και τα χρησιμοποιημένα μπάνια. Ανάλογα με τη φύση τους, τα μπάνια, όξινα ή αλκαλικά, περιέχουν υψηλές συγκεντρώσεις μεταλλικών ιόντων και κυανιούχων, λάδια, γράσα, διαλύτες, διάφορες οργανικές ενώσεις και αιωρούμενα στερεά.

Τα στερεά απορρίμματα που συναντώνται σε μονάδες κατεργασίας και επικάλυψης μετάλλων, προέρχονται κυρίως από τις διεργασίες της επιμετάλλωσης και της επεξεργασίας υγρών αποβλήτων. Η παραγόμενη λάσπη περιέχει μέταλλα με τη μορφή υδροξειδίων και οξειδίων, κυανιούχα άλατα, λίπη, γράσα, καθαριστικές ουσίες κλπ. Πρέπει να σημειωθεί ότι λόγω της τοξικότητας που χαρακτηρίζει αρκετά από τα χρησιμοποιούμενα κατά την επιμετάλλωση άλατα (π.χ. κυανιούχα), και της υψηλής συγκέντρωσης βαρέων μετάλλων στην παραγόμενη λάσπη, η επεξεργασία και διάθεση της αποτελεί το κυριότερο πρόβλημα στη διαχείριση των αποβλήτων.

Σε μία μονάδα κατεργασίας και επικάλυψης μετάλλων συναντώνται αρκετές πηγές παραγωγής αέριων εκπομπών. Σημαντικότερες εκ των αέριων εκπομπών θεωρούνται αυτές του χρωμίου που παράγονται κατά την επιχρωμίωση, καθώς και των οργανικών διαλυτών οι οποίοι χρησιμοποιούνται κατά την απολίπανση στη φάση της προκατεργασίας του μετάλλου. Τέλος, ιδιαίτερα επικίνδυνη είναι και η έκλυση νιτρικών, νιτρωδών και ατμών υδροχλωρίου κατά τη διαδικασία καθαρισμού των επιφανειών.