Η παραγωγική διαδικασία χρωμάτων οδηγεί στην παραγωγή ανεπιθύμητων παραπροϊόντων ή αποβλήτων, συμπεριλαμβανομένων αέριων εκπομπών, υγρών λυμάτων και στερεών απορριμμάτων. Τα σημαντικότερα είναι τα υγρά και τα αέρια.

Ο καθαρισμός του εξοπλισμού αποτελεί την κυριότερη πηγή δημιουργίας λυμάτων στη βιομηχανία χρωμάτων. Η παραγωγή χρωμάτων που έχουν ως βάση διαλύτη ή νερό, είναι συνυφασμένη με την δημιουργία αποβλήτων που προσκολλώνται στα τοιχώματα των δεξαμενών της παραγωγής. Ο εξοπλισμός ο οποίος παίρνει μέρος στην παραγωγή χρωμάτων με βάση το διαλύτη εκπλένεται με διαλύτη, που στη συνέχεια επαναχρησιμοποιείται.

Για την έκπλυση εξοπλισμού παραγωγής χρωμάτων με βάση διαλύτη ή νερό χρησιμοποιείται καυστικό διάλυμα. Η έκπλυση με νερό συνήθως δεν αρκεί για την απομάκρυνση χρώματος που έχει στεγνώσει στις δεξαμενές ανάμιξης. Τα απόνερα που προκύπτουν από την έκπλυση εξοπλισμού με νερό, αποτελούν σημαντική πηγή υγρών αποβλήτων στη βιομηχανία χρωμάτων.

Εκτός από τα παραπάνω, παράγονται και χρώματα εκτός προδιαγραφών από μονάδες που παράγουν ειδικές βαφές. Λόγω του υψηλού κόστους παραγωγής αυτών των βαφών, τα προϊόντα εκτός προδιαγραφών επανακατεργάζονται και τοποθετούνται εκ νέου στην αγορά.

Οι κενές συσκευασίες υγρών πρώτων υλών που περιέχουν επικίνδυνα απόβλητα (π.χ. διαλύτες και ρητίνες) αποτελούν την κυριότερη πηγή στερεών αποβλήτων στον κλάδο της βιομηχανίας χρωμάτων. Ακόμη, σημαντικά στερεά απόβλητα είναι οι λάσπες από τις δεξαμενές καθίζησης που συλλέγονται σε βαρέλια, καθώς και τα απόβλητα από φίλτρανση που περιέχουν χρωστικές οι οποίες δεν έχουν διασπαρεί ικανοποιητικά στο παραγόμενο χρώμα.

Οι κυριότεροι αέριοι ρύποι αυτού του κλάδου είναι οι πτητικές οργανικές ουσίες (VOC’ s), οι ατμοί οξέων, τα οξείδια αζώτου (NOX) και θείου (SOX) και τα σωματίδια χρωστικών. Οι εκπομπές των πτητικών οργανικών ουσιών προέρχονται από την χύδην αποθήκευση ρητινών και διαλυτών και από την χρήση τους σε εξοπλισμό με ελεύθερη επιφάνεια, όπως π.χ. οι δεξαμενές ανάμιξης.